Sebagaimana diketahui pembentukan suatu daerah otonom ditetapkan dalam Undang-undang.tidak terkecuali dengan pembentukan desa semestinya juga demikian Penetapan desa definitif biasanya diatur dalam suatu peraturan Daerah,namun karena panjangnya sejarah Desa Loa Kulu Kot,samapi dengan saat ini dasar pembentukan Desa Loa Kulu Kota tidak diketahui secara pasti.
Tetapi bila dilihat dari Bukti-bukti berupa peninggalan sisa-sisa bangunan yang ada saat ini,ditambah lagi dengan penuturan dari Tokoh-tokoh masyarakat selaku saksi hidup menyatakan,desa ini telah ada jauh sebelum Proklamasi Negara Republik Indonesia di Proklamirkan oleh Soekarno-Hatta pada tanggal 17 Agustus 1945.
Sebelumnya di Loa Kulu ( sebutan untuk Desa Loa Kulu Kota pada masa itu) pernah menjadi pelabuhan pengangkutan Batu Bara yang di oprasikan oleh perusahaan tambang batu bara bernama bernama Oost Borneo Maatschapij ( OBM ) pada akhir abad ke 19.
seiring dengan perjalanan waktu,eksploitasi batu bara di loa kulu berakhir pada Tahun 1970,tepatnya 2 tahun setelah diambil alih oleh PN Tambang Batubara Mahakam ( TBM ) pada tahun 1968.
Sebagai Petinggi ( sebutan jabatan Kepala Desa pada masa itu ) pertama di Loa Kulu adalah: Deron,djailani,dan Derauf,selanjutnya petinggi ke empat adalah majid.tidak ada catatan penting tentang waktu pemerintahan mereka kapan beliau menjabat secara pasti,wakil petinggi nya adalah Muhammad Katung Gelar Panglima Jaya.sesuai dengan surat Bisluit dari Districhoofd Aji Bambang Ali pada tanggal 01 Juni 1923.
Dengan keluarnya surat Besluit No.13-A/ZB/37,jabatan petinggi Loa Kulu diserah terimakan dari Petinggi Muhammad Katung gelar Panglima Jaya wilayah Loa Kulu yang meliputi pada saat itu,Jongkang,Kampung Pereng Tali,dan Kampung Loa Bemban,dan pada masa kepemimpinan serta atas Usaha kerja keras beliau dibantu dengan warga masyarakat Exs.Buruh OBM serta Exs Kolonisasi kala itu secara bergotong Royong membuat kampung,yang di beri nama Kampung Ponoragan,Kampung Loh sumber,Kampung Wangun Rejo,kampung sidoarjo serta kampung sidodadi,kesemua kampung yang beliau dirikan,saat ini telah berkembang menjadi Desa atau bagian dari desa yaitu,Desa Loah Sumber dan Desa Ponoragan.
Masa pemerintahan Petinggi Muhammad Katung Gelar Panglima Jaya berkahir sekitar tahun 1964,Beliau digantikan oleh petinggi Aspar,tidak banyak yang bisa di ketahui dari masa pemerintahan petinggi Aspar ini.
berkahir sekitar tahun 1967 dan di gantikan oleh petinggi Ahmad,M.Noor.dan di gantikan oleh Bustani Hasan.Pada masa pemerintahan beliau ini sebutanya Petinggi berubah menjadi Kepala Desa.namun beliau tidak disampai habis melaksanakan tugasnya dikarenakan meninggal dunia.
untuk melaksanakan tugas pemerintahan di Desa Loa Kulu Kota sampai dengan terpilihnya kepala desa Definitif oleh pihak pemerintah Kecamatan Loa Kulu ditunjuk Sulaiman Ismail sebagai Pejabat Kepala Desa yg sehari-harinya beliau menjabat sebagai KA.Mawil hansip kec,Loa Kulu
Melalui Pemilihan Kepala Desa pada tahun 1990 terpilihlah Alwi Amsari sebagai Kepala Desa untuk Masa Jabatan tahun 1991 - 1999.
Masa jabatan Kepala Desa Loa Kulu Kota Alwi Amsari Berakahir pada tahun 1999 namunoleh karena pada saat itu belum terpilih kepala desa definitif maka untuk mengisi kekosongan jabatab kepala Desa,kembali pemerintahan kecamatan Loa Kulumenunjuk,Pejabat kepala desa yaitu Marta Ali yang sehari harinya sebagai staf Kantor camat Loa Kulu.
Pada tahun 2000 melalui pemilihan kepala desa alwi amsari terpilih kembali sebagai kepala desa definitif untuk jabatan kedua periode tahun 2000-2006,Namunbelum habis periode pemerintahannya karenameninggal dunia pada tahun 2004.
sepeninggalan Alwi Amsari,berdasarkan usulan Badan Permusyawaratan Desa (BPD) Loa Kulu Kota ditunjuk M.Yusuf (sekertaris Desa )sebagai pejabat kepala Desa Loa Kulu Kota,dengan tugas utama melaksanakan pemilihan Kepala Desa Loa Kulu Kota.
Pemilihan Kepala Desa Loa Kulu Kota baru terlaksana pada tahun 2007,hal ini dikarenakan belum selesainya proses penetapan peraturan daerah yang mengatur tentang pemilihan kepala desa Oleh Kabupaten Kutai Kartanegara.
Dalam Pilkades ini Drs.Jumri terpilih sebagai kepala desa periode tahun 2007 - 2013 dan dilantik oleh wakil bupati Kutai Kartanegara dengan Surat Keputusan Bupati Kutai Kartanegara Nomor 180.188/HK-160/2007 tanggal 24 April 2007.
Pada masa ini terjadi beberapa peristiwa penting berupa bencana alam baik kebakaran maupun tanah longsor di beberapa tempat RT.02 ( sepakat)RT.21 Loa Gagak,RT.04 (sepakat) dan RT 02 selanjutnya tanaj longsor terjadi di RT 01 (sepakat ) sedangkan banjir terjadi RT,19
Pada masa ini pula wilayah Desa Loa kulu kota di mekarkan menjadi 2(dua) desa yaitu Desa Loa Kulu Kota dan desa Sepakat berdasarkan peraturan Daerah Kutai Kartanegara Nomor 11 Tahun 2010.Jabatan kepala Desa Loa Kulu Kota periode 2007-2013 berakhir pada tanggal 14 mei 2013 untuk mengisi jabatan kepala desa
Bahwa dengan telah terpenuhinya segala ketentuan peraturan perundang-undangan yang diperlukan dalam pelaksanaan pemilihan kepala desa serentak di kabupaten Kutai Kartanegara,maka pelaksanaan pemilihan kepala desa serentak telah di laksanakan pada tanggal 16 oktober 2019,dimana pemilihan dalam pemilihan kepala desa ini terpilih adalah Mohamad Rizali,S.P sebagai kepala desa Loa Kulu Kota,periode 2019-2025 Melaui surat Keputusan Bupati Kutai Kartanegara,Nomor:628/SK-BUP/HK/2019 tanggal 6 Desember 2019 tentang pengesahan dan pengangkatan Kepala Desa Loa Kulu Kota Kecamatan Loa Kulu masa jabatan tahun 2019 - 2025 serta pemberhentian pejabat kepala Desa Loa Kulu Kota,Pemerintah Daerah Kabupaten telah mengesahkan pengangkatan Kepala Desa Loa Kulu Kota,periode 2019 - 2025.
Dengan terbitnya Undang - Undang nomor 3 tahun 2024 tentang Perubahan Kedua Atas Undang- undang nomor 6 Tahun 2014 tentang Desa Tertanggal 25 April 2024 maka Jabatan Kepala Desa Loa Kulu Kota ( Mohamad Rizali,SP ) di tambah masa jabatan selama 2 tahun .
